Pri mnohých novších prenosných počítačoch sa pri inštalácii systému Windows obvyklým spôsobom často zobrazuje chybové hlásenie: Systém Windows nemožno nainštalovať na tento disk. Vybratý disk má tabuľku oddielov MBR. V systémoch EFI je možné nainštalovať okná iba na disk GPT.
Disk môžete zmeniť z oblasti MBR na oblasť GPT, pokiaľ jednotka nemá žiadne oblasti ani zväzky. Rozdelenie GPT na oddiely sa nedá použiť na vymeniteľných úložných zariadeniach alebo s klastrovými jednotkami.
GPT je nový štandard a tento štandard postupne nahrádza štandard MBR. Štandard GPT má oproti štandardu MBR mnoho výhod a nevýhod. Štandard MBR je však vysoko kompatibilný a v niektorých prípadoch je tento štandard mimoriadne dôležitý a potrebný.